Zwei Jahre sind seit dem letzten Abenteuer vergangen. Die Freunde von damals sind nach dem High-School-Abschluss in alle Winde verstreut, wollen sich nun aber in den Ferien endlich wiedersehen. Allen scheint es gut ergangen zu sein, nur Spencer ist zurück in seine alte Rolle als schüchterner, unauffälliger Nerd gefallen und hat auch die Beziehung mit Martha beendet, da er sich als ihrer nicht würdig ansieht.
Nachdem Spencer nicht zum vereinbarten Treffen seiner Freunde auftaucht und auch nicht auf Textnachrichten oder Anrufe reagiert, klingeln sie bei Spencers Eltern. Sein Opa Eddie lässt die drei herein. Eddie hat gerade Besuch von seinem Ex-Geschäftspartner Milo, der eine Aussprache wünscht. Bald entdecken Bethany, Martha und Fridge die eingeschaltete Konsole, daneben Spencers Jacke und Handy, und es wird klar, dass Spencer nach Jumanji zurückgekehrt ist. Die anderen Jugendlichen beschließen, ihm zu folgen, um ihn zu befreien. Durch die nur notdürftige Reparatur kommt es jedoch zu Komplikationen und auch die nichtsahnenden Senioren Eddie und Milo werden zu Avataren im Spiel, wohingegen Bethany im Keller allein vor der Konsole zurückbleibt. Niemand konnte seinen Charakter zu Spielbeginn wählen, und schnell müssen sie feststellen, dass die Rollen vertauscht wurden: Opa Eddie steckt nun in Dr. Smolder Bravestones Avatar, Milo wurde zu Mouse Finbar und Fridge zu Prof. Shelly Oberon. Nur Martha „behielt“ ihren Avatar Ruby Roundhouse. Von Spencer ist zunächst nichts zu sehen, und es gibt keinen Hinweis, in welchem Avatar Spencer in das Spiel eingetreten ist.
Wie im ersten Teil treffen die Charaktere zunächst auf den NSC Nigel Billingsley, der ihnen ihre neue Mission erklärt und dabei betont, dass der Schwierigkeitsgrad gesteigert wurde: Nicht alle Spieler würden von dieser Mission lebend zurückkehren können. Ihre Mission in diesem Level ist es, ein magisches Amulett, das „Falkenherz“, zurückzuerobern und den rechtmäßigen Besitzern zurückzugeben, dass Jürgen der Brutale und seine Schergen gestohlen haben. Jumanji wäre sonst dem Untergang geweiht. Statt in einem Dschungel werden die Charaktere diesmal in einer Wüste ausgesetzt.
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