1944: Der Zweite Weltkrieg tobt im Pazifik. In einem Luftkampf zwischen dem US-Amerikaner Hank Marlow und dem Japaner Gunpei Ikari werden deren Flugzeuge so stark beschädigt, dass sie abstürzen. Beide Piloten landen mit ihren Fallschirmen auf einer Insel, wo es zu einem Kampf Mann gegen Mann kommt. Ikari gewinnt und ist kurz davor, Marlow zu töten, als ein riesiger Affe auftaucht und den Kampf unterbricht.
1973: Bill Randa, Leiter der Regierungsorganisation Monarch, will mit seinem Team auf der unberührten und mysteriösen Insel Skull Island nach urzeitlichen Lebewesen suchen. Er besorgt die notwendigen Gelder und heuert neben einer Militärtruppe, die gerade aus dem Vietnamkrieg heimkehren will, den Fährtenleser und Kriegsveteran James Conrad sowie die Kriegsfotografin Mason Weaver an
Nachdem die Helikopter den Sturm durchflogen haben, werden von Monarch Bomben fallen gelassen, um durch seismologische Auswertungen die geologische Struktur zu erforschen. Einer der Forscher entdeckt mit aufgestellten Messgeräten, dass sich unter der Insel ein gewaltiger Hohlraum in der Erdkruste befindet, in dem urzeitliche Wesen überlebt haben könnten. Plötzlich werden die beiden vorausfliegenden, bombenwerfenden Helikopter von einem riesigen Affen zu Boden gebracht. Der Beschuss mit Bordwaffen kann den Riesenaffen nicht ernsthaft verletzen, dieser bringt auch alle restlichen Helikopter zum Absturz. Die Überlebenden werden im weiten Umkreis im Dschungel zerstreut. Zwei Gruppen bilden sich: Weaver, Conrad, die Forscher sowie einer der Soldaten zum einen, zum anderen die weiteren Soldaten und Randa einige Kilometer entfernt. Letztere machen sich unter der Leitung Packards auf die Suche nach dem überlebenden Soldaten Chapman und den Waffen im Transporthubschrauber, um damit den Affen zu töten.
Die andere Gruppe trifft unterdessen auf Eingeborene. Unter ihnen lebt auch der 1944 abgestürzte Pilot Marlow. Er erzählt ihnen vom Riesenaffen Kong als dem Beschützer der Insel und den friedfertigen Riesenkreaturen. Doch es gibt daneben bösartige, unter der Erde lebende Riesenechsen (von ihm spontan „Schädelkriecher“ getauft). Mit den „kleinen“, jetzt teilweise durch die Bomben nach oben gekommenen dieser Echsen würde Kong fertigwerden, doch der „Große“ habe alle anderen Riesenaffen getötet. Sollte auch Kong sterben, würden die Schädelkriecher die Herrschaft über die Insel gewinnen. Als Weaver wenig später versucht, einem unter einem der Helikopter eingeklemmten Riesenwasserbüffel zu helfen, wird sie von Kong beobachtet, der den Hubschrauber entfernt und Weaver nicht mehr als Feind ansieht.
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